Pour la conservation de l’espèce, il est important de définir si des mouvements migratoires réguliers entre la mer Méditerranée et l’océan assurent un brassage génétique, ou si les cachalots de Méditerranée constituent une population isolée. En effet, la Méditerranée est une mer presque fermée et le détroit de Gibraltar, l’unique lien entre la Méditerranée et l’Atlantique, pourrait représenter une barrière géographique limitant les échanges et la reproduction entre les cachalots de ces deux régions. Une étude génétique a donc été conduite dans le but de comparer les cachalots de Méditerranée à la population Atlantique.
Lors des campagnes conduitent de 1998 à 2001 en mer Méditerranée, 36 échantillons de peau desquamée (processus naturel) ont été ramassés dans l’eau. L’analyse des microsatellites de ces échantillons a permis d’identifier 13 individus. D’autre part, 57 échantillons d’origine Atlantique ont été obtenu sur des animaux échoués sur les cotes d’Europe du Nord (Norvège, Irlande, Danemark, Ecosse).

Les analyses en laboratoires ont été conduites en collaboration avec le Laboratoire d’Analyse Génétique de l’Université de Berkeley (EU).

Les molécules d’ADN ont été isolées par extraction au phenol/chloroforme et les 200 premières paires de bases de la « région de contrôle » (Dloop) de l’ADN mitochondrial ont été amplifiées (méthode de polymération en chaine ou PCR) puis séquencées.
Les résultats montrent que tous les individus de Méditerranée présentent exactement la même séquence (haplotype), alors que 3 haplotypes sont obtenus pour les cachalots d’Atlantique. Bien que l’haplotype de Méditerranée se retrouve chez des animaux d’Atlantique, la proportion de cet haplotype y diminue de moitié. Les tests statistiques confirment une différence significative en terme de fréquence, suggérant un brassage génétique limité entre les deux régions. Ces résultats reflètent une différence au niveau d’un caractère transmis uniquement par la mère (ADN mitochondrial), démontrant ainsi que les cachalots de Méditerranée et d’Atlantique constituent des lignées maternelles distinctes (Drouot et al., 2004). L’étude de l’ADN nucléaire, hérité des 2 parents, devrait apporter des éléments quant au brassage génétique assuré par les males.